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Text File  |  1995-03-04  |  3.2 KB  |  65 lines
  1. *********************************************
  2. * Glycosyl hydrolases family 10 active site *
  3. *********************************************
  4.  
  5. The microbial degradation  of cellulose and  xylans requires  several types of
  6. enzymes such as endoglucanases (EC 3.2.1.4),  cellobiohydrolases (EC 3.2.1.91)
  7. (exoglucanases), or xylanases (EC 3.2.1.8) [1,2].  Fungi and bacteria produces
  8. a spectrum of cellulolytic  enzymes (cellulases)  and  xylanases which, on the
  9. basis of sequence similarities,  can be classified into families. One of these
  10. families is known as the cellulase family F [3] or as  the glycosyl hydrolases
  11. family 10 [4].  The enzymes which are currently known to belong to this family
  12. are listed below.
  13.  
  14.  - Aspergillus awamori xylanase A (xynA).
  15.  - Bacillus sp. strain 125 xylanase (xynA).
  16.  - Butyrivibrio fibrisolvens xylanase A (xynA) and B (xynB).
  17.  - Caldocellum saccharolyticum bifunctional endoglucanase/exoglucanase (celB).
  18.    This protein consists of two  domains; it  is  the N-terminal domain, which
  19.    has exoglucanase activity, which belongs to this family.
  20.  - Caldocellum saccharolyticum xylanase A (xynA).
  21.  - Caldocellum saccharolyticum ORF4.   This hypothetical protein is encoded in
  22.    the xynABC operon and is probably a xylanase.
  23.  - Cellulomonas fimi exoglucanase (cex).
  24.  - Clostridium thermocellum xylanase Z (xynZ).
  25.  - Cryptococcus albidus xylanase.
  26.  - Pseudomonas fluorescens xylanases A (xynA) and B (xynB).
  27.  - Ruminococcus flavefaciens bifunctional xylanase XYLA (xynA).  This  protein
  28.    consists of  three  domains: a N-terminal xylanase  catalytic  domain  that
  29.    belongs to family 11 of glycosyl hydrolases; a  central domain  composed of
  30.    short repeats  of Gln, Asn an Trp,  and  a  C-terminal  xylanase  catalytic
  31.    domain that belongs to family 10 of glycosyl hydrolases.
  32.  - Streptomyces lividans xylanase A (xlnA).
  33.  - Thermoanaerobacter saccharolyticum endoxylanase A (xynA).
  34.  - Thermoascus aurantiacus xylanase.
  35.  
  36. One of the conserved regions in  these enzymes  is  centered  on  a  conserved
  37. glutamic acid  residue  which  has been shown [5],  in  the  exoglucanase from
  38. Cellulomonas fimi, to  be directly involved  in  glycosidic  bond  cleavage by
  39. acting as a nucleophile. We have used this region as a signature pattern.
  40.  
  41. -Consensus pattern: [GT]-x(2)-[IVN]-x-[LIVMF]-[ST]-E-[LIVMFY]-[DN]-[LIVMF]
  42.                     [E is the active site residue]
  43. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  44.  for Thermoascus aurantiacus xylanase whose sequence seems to be incorrect.
  45. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  46.  
  47. -Expert(s) to contact by email: Beguin P.
  48.                                 phycel@pasteur.bitnet
  49.                                 Henrissat B.
  50.                                 bernie@cermav.grenet.fr
  51.  
  52. -Last update: June 1994 / Text revised.
  53.  
  54. [ 1] Beguin P.
  55.      Annu. Rev. Microbiol. 44:219-248(1990).
  56. [ 2] Gilkes N.R., Henrissat B., Kilburn D.G., Miller R.C. Jr., Warren R.A.J.
  57.      Microbiol. Rev. 55:303-315(1991).
  58. [ 3] Henrissat B., Claeyssens M., Tomme P., Lemesle L., Mornon J.P.
  59.      Gene 81:83-95(1991).
  60. [ 4] Henrissat B.
  61.      Biochem. J. 280:309-316(1991).
  62. [ 5] Tull D., Withers S.G., Gilkes N.R., Kilburn D.G., Warren R.A.J.,
  63.      Aebersold R.
  64.      J. Biol. Chem. 266:15621-15625(1991).
  65.